Y sí macho. Los crack que yo sepa solamente modifican al ejecutable (o a veces alguna que otra dll) del programa o juego a crackear. Solamente los que efectivamente se hicieron con fines malignos además de hacer lo propio, modifican archivos del sistema (en C:\Windows o C:\Windows\System32)
De paso si los desarrolladores de cracks los publicarían bajo licencia GPL, podrías ver cuales son buenos (tocando solo lo necesario) y cuales los malos (que además tocan el sistema)