Si el programa no tiene el foco (es decir, si no está su ventana activa), no podrá recibir las pulsaciones del teclado.
Si pretendes interceptar las pulsaciones del teclado sin ser una aplicación activa, entonces deberás convertir tu aplicación en un servicio de windows que intercepte el driver de teclado para poder leer las pulsaciones, hacer lo que desee con ellas y devolverlas al flujo normal del sistema.
Esto es lo que hacen los programas "keylogger", generalmente de la categoría de "malware", dado que se utilizan para espiar al usuario, o registrar su actividad, habitualmente de manera inadvertida.
Siento no poder ayudarte en cómo hacerlo, pero si investigas los conceptos de "keylogger" o "interceptar teclado" es probable que encuentres recursos para poder conseguir tu propósito.
Otro tema distinto es conseguir que un programa se minimice a la "bandeja del sistema" en lugar de a "la barra de tareas". Eso es más sencillo, pero no te va permitir resolver lo que pretendes ya que mientras esté minimizado no tendrá el foco.
No sé si me he explicado.
Es un poco complicado.
Salu2
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