Hola,
DennisPadre.
Revisa si tienes los codecs necesarios para reproducir el mkv o que no tengas conflictos entre ellos.
Te doy tres opciones.
1. Desinstalar cualquier pack de codecs que tenas. (limpiando resgistro).
http://www.geekuninstaller.com/download
2. Usar el VLC media player. (viene con sus propios codecs).
http://www.videolan.org/vlc/
3. Instalar K-Lite Codec Pack (la versión mega) esto es opcional si te decides por VLC Media Player, no hace falta.
http://www.codecguide.com/download_k..._pack_mega.htm
Saludos!