Generalmente uso
Mozbackup para respaldar ese tipo de información, sobre todo los marcadores(tengo muchos y muy importentes), entre sus opciones tiene la de guardar solo cookies.
Otro programa que tambien realiza lo mismo es FavBackup, pero este tambien trabaja con IE, Chrome, Opera, Safari entre los mas populares navegadores. Ambos esenciales para realizar copias de seguridad de nuestra navegación.
Saludos !!