en la documentacion de ubuntu esta casi todo por ejemplo
http://doc.ubuntu-es.org/12.04:Insta..._est%C3%A1ndar o desde la pagina de inicio, eleguis la version y seguis la guia estandar
http://doc.ubuntu-es.org/Documentaci%C3%B3n
no se si hay una definicion para instalar bien o mal, quiza mejor o peor, pero la instalacion es a la carta, yo particularmente hace rato no uso ubuntu, prefiero instalar un sistema minimo y agregar aplicaciones y disponer de los servicios minimos, pero si uso el unity, documentacion en el mundo linux es lo que mas abunda, buscar man X_aplicacion es/deberia ser algo cotidiano, y no desesperes, no se hace cuanto usas windows, pero pensa cuanto te llevo aprender a usarlo, no de un dia para el otro se aprende todo, lo mejor es que te podes equivocar y empezar de nuevo y lo peor que puede pasar es borrar todo o un kernel panic (cuando tenes un solo kernel). Lo que i esta bueno es ir documentando lo que uno hace, tipo con las notas de tomboy o un simple txt con fecha, ayuda mucho a ver en que le erras, lo mismo consultar los logs de sistema no esta de mas.
lo de esclavo o maestro es relativo, podes plantear varios escenarios, el poner solo el boot de windows + windows en un disco (fisico) y grub + ubuntu en otro , implica cambiar el orden de boteo en el disco, quiza sea lo mas correcto, pero no es practico, lo mas usual es es un dual boot, sin cambiar nada en el bios, si el particionado automatico de ubuntu falla hay montones de aplicaciones para particionar,
Yo particularmente tengo un arranque de 3 SO (en el pc de escritorio) por grub, aunque cada disco individualmente tiene su propio gestor de arranque, donde permite eleguir cualquiera de los 3 SO, es mas tolerante a fallas, pero poco practico, (el de windows se puede editar con easybcd ).
el sistema de ficheros, es relativo, se puede optar por montones de tipos de particiones y mas depende de el tamaño de los archivos o el tipo de escritura que se use una buena lectura es la de arch
https://wiki.archlinux.org/index.php...ma_de_archivos
yo particularmente prefiero ext3 (seguro antes cortes de suministro) ext4 (uso general) y reiser (archivos chicos, del orden de pocos kB, por mas que no tenga "soporte" es muy bueno, con algo como squid) , pero eso depende de cada uno y para que lo use o lo tolerante a fallas que sea el sistema, (se puede hacer un raid por software con lvm), (en systemd tengo problemas a veces con el ext3 -> "systemctl default" ) lo mismo siempre tratar de que quede un buen tamaño libre en la particion asi no se defragmenta, quiza en ubuntu, pensando que instalas dos veces por año no se nota, peor si mantenes el sistema estable (lts) siempre conviene dejar un 20% libre, pero depende de como cada uno se maneje