Hola diegobd ... seguramente al hacer eso la placa te cambia el modo a AHCI, que por otro lado si vas a tener todo SATA es lo ideal, ahora bien, sólo Windows 7 soporta ese modo de forma nativa, pero ojo, si ya instalaste el SO antes de cambiar de modo e instalaste W7, la instalacion se hizo con los drivers como ide y por tanto por eso no te arrancara ...
Saludos
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